У яндекса есть интерфейс для удаления страниц
, но я бы вам не советовал удалять раз траф идет его не стоит терять, сайт переидексируется со временем сами отвалятся не существующие страницы, а пока траф идет просто настройте редирект в файле .htaccess с несуществующих страниц на существующие...