электронная версия СМИ. (регистрация СМИ есть).
А на кого был зарегистрирован домен?
Насколько я помню, при регистрации электронного СМИ, вы должны получить сертификат о регистрации доменного имени у регистратора и сдать его в регистрирующий СМИ орган, то есть администратор домена и один из учредителей СМИ(если их несколько) должны быть одним лицом.
Если же у вас зарегистрировано не электронное СМИ и домен нигде в документах не проходит как "электронная версия СМИ", а домен изначально зарегистрирован на этого сотрудника, то не вижу что можно сделать кроме как через "дроп" или найти человека, и сомневаюсь что даже суд тут что-то сможет сделать.